Mladší žáci dokonce v roce 1999 vybojovali na mistrovství republiky bronzové medaile. Akce se konala v hale TJ ČKD Blansko. Tu totiž sloupští florbalisté pro svoji činnost nezbytně potřebovali, tělocvična ZŠ, kde trénovali, byla svými rozměry pro mistrovské zápasy nevhodná. Spolupráce oddílu Atlas s TJ ČKD logicky nakonec v roce 2004 vyvrcholila jeho řádným oficiálním zařazením do jednoty, když hlavními garanty sloučení byli ing. Jaromír Novák a Mgr. Bohumil Hlaváček. Soutěže se pak začaly hrát pod názvem Atlas ČKD Blansko. V roce 2005 se podařilo zakoupit prostřednictvím sponzora Jiřího Mánka vlastní mantinely, které se pak po čtyřletém splácení staly majetkem jednoty.
Hned první sezóna 2005/06 pod křídly TJ ČKD se mimořádně vydařila. Vlajkovou lodí klubu, který měl v té době v soutěžích České florbalové unie tři týmy, byl A-tým mužů. Jako nováček třetí celostátní ligy dosáhl dokonce na třetí příčku, přestože se druhou půli sezóny musel obejít bez svého nejlepšího hráče a trenéra v jedné osobě Jiřího Obalila, který se potýkal s vážnějšími zdravotními problémy. Mužstvo působilo jako velmi dobrý kolektiv, velkým přínosem byl návrat zkušeného veterána Tomáše Kuchaře k aktivní činnosti. Díky Obalilově absenci se stal tentokrát králem kanadského bodování Luboš Bezděk, výborně do týmu zapadli věkem ještě dorostenci Vrána, Dosedla a Hebelka. Zejména první z nich se díky svému talentu a tréninkové píli probojoval i do juniorské reprezentace ČR.
Béčko mužů rovněž nezklamalo, jeho páté místo v jihomoravském přeboru příjemně překvapilo. O chod se staral Martin Malík, na jehož bedrech spočívalo i vedení týmu dorostu. Ten jediný v extralize této věkové kategorie zaostal za plánem, když skončil až na posledním místě její moravské divize. Bylo to ale omluvitelné tím, že nejlepší dorostenci již působili trvale v mužském áčku a celek byl proto ve většině zápasů citelně oslaben.
V sezóně 2006/07 začal výbor oddílu florbalu pracovat ještě intenzivněji s mládeží. U nově vzniklého mužstva mladších žáků pod vedením trenérky Martina Hebelkové vypomáhal přes týden devatenáctiletý Jiří Buchta. Brankář dorostu Atlasu navíc v rámci hostování odchytal skvělou sezónu v dresu Panthers Otrokovice a vybojoval s nimi stříbrné medaile v juniorské extralize. Tuto soutěž hrál další odchovanec Atlasu Ondřej Vrána v barvách Bulldogs Brno. Přestože v průběhu roku několikrát laboroval se zraněními, stále bojoval o místo v juniorské reprezentaci.
Výborně hrál opět A-tým mužů. Tomu nevyšel začátek soutěžního ročníku, kdy díky smůle v koncovce prohrál těsně několik utkání. Podepsalo se na tom i to, že těžké zranění z hokeje vyřadilo na celý rok nejzkušenějšího hráče Tomáše Kuchaře. Mužstvo pod vedením Jiřího Obalila se, ale pak rozehrálo k excelentním výkonům a podařilo se mu obhájit vynikající třetí místo v druhé lize, třetí nejvyšší soutěži v ČR. Obalil s Bezděkem ovládli kanadské bodování soutěže, byli pravým postrachem soupeřových gólmanů.
Horší situace nastala u béčka, které se potýkalo s nedostatkem kmenových hráčů a body získávalo jen tehdy, když mohli vypomoci hráči prvního mužstva nebo junioři. Špatná výkonnost vyvrcholila až sestupem z krajského přeboru. Po těchto zkušenostech se výbor rozhodl do následujícího ročníku béčko nepřihlásit.
Naopak vysoce se zvedla výkonnost juniorů, kteří v jihomoravské lize dosáhli na čtvrté místo, a jejich dobrý kolektiv se zdál pro budoucnost velmi nadějný. Několik hráčů (Hebelka, Suchý, Dosedla), stabilně hrálo za muže, další (Skoták, Nejezchleb) byli trenérem zkoušeni.
Následující sezóna 2007/08 byla bezesporu zatím nejúspěšnější v historii blanenského florbalu. Důvodem bylo suverénní vítězství mužů v druhé lize a také individuální úspěch odchovance Ondřeje Vrány, který v juniorském reprezentačním dresu ČR dosáhl na stříbrnou medaili na mistrovství světa ve Švýcarsku.
Jak již bylo předesláno, mužské áčko skončilo předtím ve druhé florbalové lize dvakrát po sobě na třetím místě. Úvod nové soutěžní sezóny naznačil, že to nemusí být všechno a že svěřenci hrajícího trenéra Obalila, jsou na ni připraveni dobře. Ti nejprve v létě slušně dopadli na největším světovém turnaji Czech Open v Praze, aby se pak probojovali až do třetího kola Poháru ČfbU. V něm mu vystavil stop až extraligový velkoklub FBC Pepino Ostrava v nádherném zápase v domácí hale TJ ČKD, který byl opravdovým svátkem florbalu.
Samotné mistrovské zápasy soutěže naznačovaly již od počátku, že Atlas ČKD bude patřit k hlavním favoritům soutěže. Prognózy se naplnily. Blanenští si na čele druhé ligy vybojovali postupně až dvanáctibodový náskok. Ten se sice v závěru trochu ztenčil, na prvenství v soutěži ale nakonec v pohodě stačil. V následné baráži se pak povedlo hned v prvním kole přetlačit soupeře z Prahy a vybojovat historický postup do první ligy. Do ní se klub přihlásil i při vědomí, že se bude jednat o mimořádně náročnou soutěž i z hlediska finančního, protože znamenala cestování v podstatě po celé republice a také proto, že skrývala podmínku o větším množství mládežnických mužstev.
Solidně hráli v této sezóně i junioři, kteří skončili v moravské divizi třetí ligy na třetím místě. Dařilo se i mladším žákům pod vedením manželů Šamalíkových. Ti se v jihomoravské lize probojovali do finálové skupiny, kde nakonec skončili pátí.
Sezóna 2008/09 již tak úspěšná pro muže nebyla. Hráli nejvyšší soutěž ve své historii, ta se ale nakonec ukázala nad jejich síly. Náročné cestování (mj. Litvínov, Kadaň, Praha, Kladno atd.), vinou zranění užší kádr i slabší tréninková morálka některých jedinců, které odradily úvodní porážky, způsobily nakonec, že cíl, kterým byla záchrana, nakonec nevyšel.
Po přestávce začalo hrát i béčko mužů. Zajímavým faktem bylo, že je tvořili z drtivé většiny hráči, kteří začínali ještě pod sloupskou hlavičkou. Ti ukázali, že florbal hrát nezapomněli a po druhém místě v krajském přeboru postoupili do jihomoravské ligy. Junioři obsadili třetí místo v moravské divizi třetí ligy. Přes užší kádr prokazovali solidní výkonnost, kterou měli ti nejlepší možnost si vyzkoušet i v první lize v mužském dresu. Starší žáci pod obětavým vedením manželů Šamalíkových hráli v samé špičce jihomoravského přeboru, nakonec skončili druzí. Nově vzniklý tým nejmladších elévů řídil Martin Pivoda. Kluci se pod jeho vedením během roku změnili z absolutních začátečníků v ostřílené matadory, poslední turnaj sezóny dokonce dokázali vyhrát.
Sezóna 2009/2010 byla pro Atlas doslova pohromou. Definitivně odešly posily, jimž se podařilo získat pro první ligu, vinou zranění se rozpadla nepostradatelná dvojka Bezděk – Obalil. Druhý jmenovaný se sic s entuziasmem snažil zbylý kádr tmelit a bičovat k výkonům, neboť i druhá liga si stále vyžadovala od hráčů vysokou dávku obětavosti a nasazení, avšak dlouholeté stálice soupisky počaly se více věnovat svým soukromým životům. Na kost ohlodaný tým byl tedy, bez jediné výhry, odsouzen k dalšímu sestupu – do třetí ligy (nejvyšší jihomoravská soutěž). Sestupovalo i béčko.
Do sezóny 2010/2011 vstoupil Atlas s novým nadšením, s novým odhodláním i s novým vedením. Z elévů se stali mladší žáci, stále však pod vedením obětavého Martina Pivody. Dorostenců se ujal, též s obětavostí, Josef Jalový a jeho působení je na zvyšující se herní kvalitě i na zvyšujícím se počtu nových mladých hráčů znát. Mužské áčko do sezóny doslova vlétlo. Sice s malým zaškobrtnutím – vypadlo ve druhém kole poháru ČFBU (české florbalové unie) – ale krátce na to celou první polovinu soutěže – třetí ligy – ovládalo z prvního místa. Vedoucí postavení v nejvyšší jihomoravské soutěži byl však v jarní části Atlas donucen opustit po sérii zranění opor, s nimiž se velmi mladý a ještě ne-dosti zkušený kádr nedokázal vyrovnat. Série porážek tak znovu nahlodala morálku mužské části oddílu. To je i do jisté míry podporováno chybějící vůdčí osobností. Nicméně hlavní úkol je splněn – zastavit propad a udržet tak kvalitní soutěž pro novou generaci dorůstající pod vedením již zmiňovaného Josefa Jalového.
Samostatnou důležitou kapitolu si zaslouží turnaj Atlas Cup. Ten se nejprve pod hlavičkou Vánoční turnaj hrál v malé sloupské tělocvičně za účasti osmi týmů 20. prosince 1997. Stejný počet se potkal za rok již v hale v Blansku a od třetího ročníku se zde usídlil natrvalo. Hrací doba byla již dva dny, datum se od toho okamžiku ustálilo na 28. a 29. prosinci a počet mužstev na šestnácti, stejně herní systém se od toho roku nezměnil. Postupně se stal jedním z nejprestižnějších v republice, zúčastnila se ho celá řada reprezentantů a špičkových hráčů extraligy v čele s nejlepším florbalistou české historie Radimem Cepkem, který hrál v Blansku dvakrát. Pořádající tým stavěl do turnaje vždy dva až tři týmy. Celkem sedmkrát se dokázal probojovat do finále, ironií osudu se mu ale ani jednou na titul nepodařilo dosáhnout, i když třikrát rozhodovaly o vítězi samostatné nájezdy.
